Archeologické muzeum v Agios Nikolaos se nachází v severní části jezera Voulismeni ulice PALEOLOGOS, 74, jen pár minut chůze od centra města. Muzeum bylo založeno v roce 1970 a má bohatou sbírku archeologických nálezů v prefektuře Lasithi.

Expozice muzea je umístěna v osmi výstavních sálech a pokrývá obrovské období dějin od neolitu do doby římské. Muzejní sbírky patří keramika, kamenné plastiky, sochy, potřeby pro domácnost, různé pohřebních artefaktů, zlaté šperky, bronzu a slonovinové artefakty vzácnou dětský pohřeb a další.

Nejpůsobivější exponátem muzea je lebka mladého muže, nalezené v římském hřbitově u Potamos nedaleko města. Lebka se datuje do 1. století našeho letopočtu a korunován se zlatou čelenkou v podobě olivového listu. V ústech lebky byla stříbrná mince z Polirinia (West Kréta), uvolňování, který byl starý k panování římského císaře Tiberia. Coin, podle prastaré tradice, dopravce musel zaplatit duše Charon do podsvětí Hades nad řekou Styx.

Zvláště zajímavé jsou artefakty objevené při vykopávkách na minojské hřbitova Aghia Fotia. To je prehistorické hřbitov, který byl nalezen 260 Minoan hrobů, je pozemek největších archeologických lokalit na Krétě. Zde byla založena v roce 1600 různých plavidel, vyrobené bez použití hrnčířském kruhu a jeho styl je podobný Cycladic umění.

Představovaný v muzeu a artefakty z vypořádání minojské Myrtos, z nichž nejdůležitější je považován za "bohyně" Myrtos - plavidla v podobě ženské postavy. Muzeum vystavuje také artefakty z minojské paláce Malia, včetně nádherné propady kámen plavidel ve formě Triton.

Archeologické muzeum v Agios Nikolaos je jedním z nejvýznamnějších muzeí Kréty.