V roce 1546 bylo založeno město Arica na místě zvaném El Chenchorro. O padesát let později město bylo zpustošeno zemětřesením a tsunami, který nutil obyvatele přestěhovat své domovy do přístavu pod ochranou Cape Morro, v místě, kde je teď.

Současná budova katedrály Arica byl postaven na troskách druhého chrámu města, který byl postaven v roce 1640. Po 200 letech služby, tento kostel byl také zničen při zemětřesení v roce 1868. Pouze zachovalé kamenné schody. Projekt nové stavby kostela bylo nařízeno peruánský prezident Jose Balta ve francouzském studiu Gustave Eiffel, a byla původně určena pro letovisku Ancon. Ale v roce 1875 bylo rozhodnuto vybudovat ve městě Arica. O rok později, chrám se konala první mši.

Během války v Tichomoří (1879-1883) začal patřit do města Arica v Chile. Ale až do příchodu dvacátého století, Arica zůstal pod vedením diecéze Arequipa, podle vyhlášky z Vatikánu. V roce 1910, starosta města Arica, Maximo Lira, nařídil vyhoštění peruánského kněze a jeho asistenta ze země. Byly nahrazeny chilskými vojenskými kaplany.

V roce 1911 byl kostel připojen k diecézi Tarapaca (nyní - diecéze Iquique). A v roce 1959 byl převelen do hodnosti katedrály. S požehnáním papeže Jana Pavla II v roce 1986, to bylo založeno diecéze Arica do centra města v katedrále svatého Marka v Arica.

Kostel je relativně malý, v gotickém slohu. Konstrukce kostela je vyroben výhradně z kovu - trámy, sloupy, spojené lomenými oblouky, s výjimkou dvou dřevěných dveří. Věž chrámu stoupá k nebi, což krásu a majestátnost budovy, která byla posílena okolní krajiny: Plaza de Colón, Cape Morro de Arica, přístav, přístav a nekonečné moře.

V roce 1984 budova katedrály prohlášen za národní kulturní památku Chile. A v roce 2002 - historická památka Arica.