Dalším lákadlem Cordoba - San Francisco církve, která je jedním z takzvaných "ferdinandovskih" kostelů, dostal své jméno z toho, že byli mezi první křesťanský kostel postavený v Córdobě po reconquest od Moors králem Ferdinandem III. Jakmile kostel byl postaven v části 13. století klášter San Pedro el Real. Klášter, který patřil k františkánským náboženské komunity být dost blízko na čas a měl velký vliv v náboženském životě města. Je známo, že v 17. století zde žilo sto mnichů, a většinu z jeho prosperity a vlivu že dosáhl v 18. století. Ale v počátku 19. století, v průběhu předem Napoleonových vojsk byl klášter zničen, a kostel San Francisca jako zázrakem přežila.

Původně vytvořen v gotickém slohu, dnes budova kostela San Francisco je jen částečně podobá původní strukturu. V průběhu 18. století byl objekt obnoven několikrát a jeho průčelí je mnoho prvků, baroka, podstatně změnila středověkou podobu kostela.

V současné době, kostel San Francisco je nejen jedním z nejstarších, ale také jedním z nejbohatších kostelů v Cordoba. Obsahuje velké množství kulturních hodnot akumulovaných od středověkého období. K dispozici je také zajímavá sbírka obrazů umělců 18. století Cordova. To si zaslouží zvláštní pozornost a jemné dobovým nábytkem, který se nachází v prostorách chrámu.