V roce 1647 město Eisenstadt byl pod nadvládou knížecího domu Esterhazy, který měl velký vliv na město a vedla k pozitivním změnám. V roce 1648 dekretem císaře Ferdinanda III Eisenstadtu stal svobodným městem, Zdaněna platí ve výši 16.000 zlatých a 3000 sudy vína. V roce 1670 Paul I povoleno se usadit v Eisenstadtu a šest okolních osad 3000 Židů, kteří byli vyhnáni z Vídně. Rabín města byl Vertaymer Samson, který sám byl pohřben na starém židovském hřbitově.

Tam bylo potřeba na hřbitově. Takže tam byl starý židovský hřbitov v 17. století, v blízkosti židovské čtvrti. Starý hřbitov fungovala od 1.679 do 1.875 let a zaměstnává okolo 1140 kamenných náhrobků pouze s hebrejskými nápisy. Vzhledem k omezenému prostoru, vedle starého hřbitova byla zřízena nová. Nový hřbitov byl v použití od roku 1875.

Během nacistické okupace, oba hřbitovy byly částečně zničeny, a náhrobky byly použity na stavbu bariéry kolem města. Po roce 1945 byl hřbitov rekonstrukci, a památky byly zavedeny. V roce 1992 nastal nový hřbitov vandalismus: asi 80 náhrobků byly znesvěceny nacistických symbolů.

Hřbitov Eisenstadt je odlišný od jiné starověké židovské hřbitovy nedostatek vegetace. Nicméně, to je velmi podobné ve tvaru a vzhledu s vídeňské hřbitova. To je způsobeno skutečností, že první osadníci byly vídeňské emigranti. Před vchodem do starého hřbitova byl dělán přes krásné půlkruhových kovových bran, ale teď nebyly zachovány. Oba hřbitovy jsou otevřeny pro veřejnost.