Ben Ezra synagoga architektura neliší od standardní architektury koptských kostelů. To se stalo proto, že budova byla původně kostel, ale na konci roku X. století. Kalif Hakim zavřel kostel. Ve více nedávné době budova vykoupil židovskou komunitu, která v té době byla významná část egyptské společnosti. Synagoga byla pojmenována po rabína Abrahama ben Ezra Jeruzaléma.

Slavný synagoga, že v XIX století, během přestavby, tam byl objeven poklad dokumentů s tisíci XI-XII století.
Nedávno restaurována synagogu.