Katolická církev San Francisco se nachází v centru města La Serena. Kostel je struktura konce XVI století.

V roce 1563, v La Serena usadil Franciscan mnichy. Christopher Fray Juan Torrealba Ravaneda postaven na tomto místě kapli Adobe. Na začátku roku 1585 Fray Francisco Medina a Juan Francisco Roman Carburym jsme zahájili stavbu současného kostela vápence v italském renesančním stylu. Tloušťka stěn budovy, dosáhl 1, 20 m. Konstrukce bylo obtížné a nákladné, neboť vápenec přivedl z Penyulas Alto a z lesů oválu. Kostel svatého Františka byl první kamenný kostel La Serena a byl vysvěcen na Štědrý den 1627 ve jménu Panny Marie Dobré naděje.

V XVII století město La Serena utrpěl řadu útoků korzárů. Během invaze města pirátů vedených Angličanem Bartoloměje Sharpe v roce 1680, to bylo zničil většinu města vedle kostela San Francisco. Zemětřesení v roce 1730 stavba kostela téměř nebyl poškozen, kromě střechy, rekonstrukce který byl dokončen teprve v roce 1755. V roce 1735 byl kostel otevřen klášter a školu pro vzdělávání mnichů. Pracoval až do příštího ničivém zemětřesení z roku 1796, ve kterém část věže se zhroutil, opouštět budovu kostela a kláštera nejsou vhodné pro službu. V roce 1823, františkáni byli vyhnáni a jejich majetek zabaven.

V první polovině XIX století, v souvislosti s objevem těžby mědi v klášteře začala pracovat mincovna Coquimbo, ale tento projekt byl krátkotrvající. 1840 struktura kláštera sloužila jako kasárna. Během bojů na obléhání La Serena v roce 1851, věž kostela byla těžce poškozena. V roce 1858 byla budova opět obnovena Franciscan mnichy.

V roce 1878, kostel prošel několika úpravami: několik pater byly zbořeny, kostel začal být složen ze tří naves oddělených arkádami, fasády došlo ke změně, byly tam tři vyvážené vstupy v novorenesančním slohu. Rekonstruovaná Kostel byl otevřen 01.10.1899.

V roce 1913, věž a štuková fasáda kostela byla znovu zničena během zemětřesení. V roce 1923 postavil novou kostelní věž, tentokrát z vyztuženého betonu. V roce 1975, po silném zemětřesení, kvůli velmi špatnému stavu budovy, musel zavřít kostel. V roce 1977 otevřel polovinu kostela pro věřící ve zbytku budovy pokračoval být provedeny restaurátorské práce na uvedení do původního vrcholu věže, stěn a stropů, která existovala až do poloviny XIX století. V sakristii je otevřeno muzeum náboženského umění a církevní talíř.

Kostel San Francisco, byl prohlášen národní kulturní památkou Chile v roce 1977.