Kostel San Sebastian se nachází na kopci, v blízkosti rybího trhu, v severní části starého města Lagos. Z tohoto místa nabízí nádherný panoramatický výhled na záliv. Kostel je považován za jeden z nejstarších a nejkrásnějších kostelů ve městě.

Ještě předtím, než byl kostel postaven na tomto místě, v roce 1325 byla kaple Neposkvrněného početí Panny Marie. V roce 1463, biskup João de Mello udělal, že na tomto místě byl postaven kostel. V roce 1490, na rozkaz krále Portugalska, Don João II, byli jsme opět provedli rekonstrukci, a kostel byl rozšířen. Po tom, kostel byl vysvěcen jako kostel San Sebastian (kostel svatého Šebestiána). Bohužel, jako se to stalo s mnoha historických budov v Portugalsku, byl kostel prakticky zničen během lisabonské zemětřesení v roce 1755. Kostel byl obnoven, a dvě století později byl kostel opět zničeno při zemětřesení, k němuž došlo v roce 1969. V průběhu doby byl kostel opět obnoven.

Uvnitř kostela trojlodní oddělených dórské sloupy. Původní hlavní oltář kostela sahá až do XVI století. Altar se skládá ze čtyř panelů. Očekává se, že tyto panely vytvořil jeden z nejslavnějších umělců Algarve v XVI století Alvaro Dias. Kostel držel starou plán města. V roce 1828, kostel má věž se zvonem.

V roce 1924, kostel San Sebastian byl uveden jako památku národního významu.