Kostel Santa Maria byl postaven na konci XV století - a to, v roce 1498, a je umístěn na ploše prince Jindřicha, pojmenovaný na počest krále Henryho navigátor.

Od druhé poloviny XVII století, kostel Santa Maria je farní kostel Lagos. Do té doby, farní kostel ve městě, sloužila jako kostel Santa Maria da Graça, který byl zničen požárem, když zemětřesení udeřilo v roce 1755. Na konci XIX století kostela Santa Maria byl obnoven z původní stavby, odcházející jediný portál chrámu, který pochází z XVI století a má výhled na náměstí. Portál je obklopen renesanční sloupy v Doric stylu, v horní části můžete vidět bustu apoštolů Petra a Pavla. Po stranách jsou dvě symetrické zvonice.

Původní název kostela - kostel Milosrdenství, ale po dokončení sanačních prací, v XVI století, kostel se stal známý jako Santa Maria. Uvnitř kostela je jednolodní, je zde baptisterium, křtitelnice, strop chrámu - dřevěný. To upozorňuje na jeho výzdobě hlavní kaple, která se nachází na kopci. Stojí za zmínku, že místo pro kůru v kostele stejně je na stupínku. Chcete-li přijít k oltáři, který je ozdoben ukřižování Ježíše Krista, návštěvníci projít obloukem. Hned kostela jsou obraz Nanebevzetí Panny Marie, Panny Marie milosrdenství, které pocházejí z druhé poloviny století XVII.