V japonské historii byla doba, kdy vládci favorizoval šíření křesťanství, a období, kdy přinesli ze zámoří doktríny ukázal v nemilosti, a jeho následovníci byli pronásledováni. V XV a XVI století, křesťanství se rychle rozšířil na ostrovech souostroví, ale na konci století XVI byl zakázán, a lidé z Japonska to praktikoval tajně. Obyvatelé Nagasaki byli každý rok nuceni dokázat, že nejsou křesťané. Chcete-li to nabídli, aby porušovali obraz Ježíše Krista a Matce Boží, a tohoto rituálu dělat, museli projít až do poloviny XIX století. Obecně platí, že křesťanství bylo zakázáno v Japonsku, stejně jako dvě a půl století, během této doby bylo popraveno, mučeni nebo deportoval tisíce lidí vyznávajících náboženství.

05.2.1597 v Nagasaki byli veřejně popraveni za misijní práci 26 lidí, z nichž 20 byli Japonci, čtyři Španělé, stejně jako mexické a indické. Usnesením ze dne pak panující šóguna Toyotomi Hideyoshi zatčen křesťané byli mučeni, pak dal v Nagasaki a byl ukřižován na kříži postavené na kopci Nisidzaka. Po provedení obětí se stal mučedníky jako svatí přečíst a rozpoznat jim různé zábavy. Sto let po svatořečení v roce 1962 na kopci otevřel památník a muzeum. 6.února Katolická církev v Japonsku slaví své paměti.

Muzeum obsahuje důležité historické dokumenty přinesl z Evropy a složené v Japonsku, umělecká díla období raného křesťanství v Japonsku. Výstavní chronologicky seznamují návštěvníky s období raného křesťanství, občas pronásledování křesťanů a život tajných katolíků v období self-izolace stavu.

V současné době, křesťanství je třetí z hlavních náboženství v Japonsku po buddhismu a šintoismus. Na počátku století XXI, bylo jich tam asi 2, 5 milionů křesťanů, většinou katolíci.