První univerzita v Pécsi vznikla v roce 1367 jako jeden z nejstarších ve střední Evropě krále Ludvíka Velikého, ona šla dolů během turecké okupace. V roce 1921 bývalé maďarské univerzity v Bratislavě (to Bratislava, maďarském:. Pozsony) se stěhoval do Pécs, Janus Pannonius je rezultatom1982 University (Janus Pannonius Tudományegyetem, JPTE).

  První univerzita byla založena v Pécsi Louis já Maďarska v 1367 poté, co existuje jako jednotný vzdělávací centrum pro několik desítek let, v polovině 15. století to bylo rozděleno do dvou škol - právo a teologii. Během turecké okupace univerzity byl uzavřen a otevřen pouze v roce 1785, kdy Josef II posunul Royal Academy of Gyor, Pécs. V roce 1802, Královská akademie přišel Gyor na příkaz Františka I., a instituce vyššího vzdělávání v Peci nebylo až do roku 1833, kdy se biskup Pécs pod záštitou města senátu založené v Peci akademii s právnickými fakultami a filozofie.

  Moderní University of Pécs byla založena v roce 1912 a původně se nachází v Pozsony (nyní Bratislava). Po druhé světové válce byl Pozsony aneksirovan z Maďarska, a v roce 1921 se stěhoval do University of Pécs, kde to zůstane k tomuto dni. V roce 1951 se lékařská fakulta Univerzity byly odděleny, a až do roku 2000 byl samostatný orgán. V roce 1982, univerzita byla pojmenovaná po Janus Pannonius. Tento University of Pécs byla založena 1. ledna 2000 sloučením Janus Pannonius University, University of Medicine a vysoká škola učitelů.