Byl postaven v letech 1590-1592 starší Židovské město Mordechai Mayzlom, který financoval rozsáhlou restrukturalizaci ghetta ve stylu Renässans. Synagoga byla postavena pod vedením Josefa a Juda hřídele Goldshmida de Herz. Původně byla budova těžce poškozen při požáru v roce 1689, po kterém byla budova obnovena v barokním stylu. Po restrukturalizaci v gotickém slohu obrození od A.Grotta v 1893-1905, synagoga ztratil hodně z rysů baroka. Od počáteční dispozicí zachován renesanční trojlodní rozvržení hlavní lodi a zvýšenou ženskou galerii.

V současné době Maiselova synagoga slouží jako výstavní prostor a skladování Židovského muzea. První část expozice Dějiny Židů v Čechách a na Moravě od osady před emancipací ilustruje průběh dějin Židů v českých zemích od desátého století až do konce století XVIII. Prolog představuje historické údaje o vzniku židovského osídlení v Čechách a na Moravě. Stejně jako právním a sociálním postavení Žida ve středověkém státě. Zvláštní pozornost je věnována období renesance, a to jak v souvislosti s výstavbou synagog, tak jméno svého zakladatele Mordyhaya Mayzla. Tradiční židovské vzdělání jsou dílem vynikajících vědců, kteří obsadili místo rabínů a talmudských škol rektorů českých a moravských židovských obcí (Lib Rabín David Oppenheim).