Zoo a muzeum přírody ve Splitu byl věnován města díky počátku XX století, několik cenných přírodních sbírek. Profesor Umberto Dzhirometta v roce 1923 vznesl otázku vytvoření Museum of Natural History. Městská rada Split se v této záležitosti k přezkumu, a v roce 1924 založil první muzeum a Dzhirometta stal se jeho vůdce až do své smrti v roce 1939.

V prvních letech své existence, bylo muzeum se nachází v jednom z městských budov v centru města. Brzy prostor nebylo dost, a bylo muzeum se stěhoval do jedné z budov Marjan parku. Spolu s muzeem otevřel malý zoo, které představují některé druhy domácích i exotických zvířat. Pro první v bývalé Jugoslávii Aquarium vedle budovy muzea byl postaven další prostor. O několik let později, Oceanarium byla uzavřena a přeměněn na malé kleci. Dnes v Splitu Zoo má více než 300 druhů zvířat.

Budova v Marjan parku na nepřátelských akcí v roce 1991 byla uzavřena z bezpečnostních důvodů. Poté, muzeum přestěhoval se do pevnosti remcání, a po roce 1997 se vrátil do Marian. Po roce 2000 se na žádost zaměstnanců pro potřeby muzea bylo přiděleno nový prostor, o celkové ploše cca 1156 metrů čtverečních, v nichž muzeum začal pracovat v lednu 2002.

Před otevření nového ředitele muzea byl reorganizován muzejních sbírek a líčil několik nových expozic (např sbírka vycpaných zvířat a ptáků, odboru geologie a paleontologie, entomologie, Katedra obratlovců a bezobratlých, etc.). Rovněž byly provedeny práce na zpracování a systematizace exponátů, terénní práce v centrální části Dalmácie, četné výstavy v muzeu i mimo něj. Kromě toho, zaměstnanci muzea podílí na mnoha vědeckých konferencí.

V přízemí muzea hostí celou řadu výstav, a na ostatních podlažích domu stálou expozici. Každý si může koupit muzejní další materiály o historii muzea a místní přírodní historie.