Kostel Máří Magdalény se nachází v okrese Södermalm. Historie kostela pochází na 1350-ročník, kdy král Magnus Eriksson se souhlasem papeže Klimenta VI postavili kapli a věnoval ji Máří Magdalény. Vnější vzhled budovy těch roků špatně zdokumentován, a to pouze existující měděná rytina znázorňuje kapli jako malé budově s velkou věží, přikrýval se špičatou věží.

Na začátku 1520s osvobodil Gustav Vasa ve Stockholmu, a jeho vojska v čele s Peder Fredagom utábořili v kapli, ale utrpěli těžké ztráty, když dánské armáda křesťana II na ně zaútočil z města. Tato událost může být jedním z hlavních důvodů, proč Gustav Vasa zničit všechny kostely, kláštery a kaple, které obklopují město, po zavedení protestantismu v 1527, včetně kaple Máří Magdalény. Nicméně, jeho syn, král John III, zahájila výstavbu nového kostela na místě kaple roku 1588. Nicméně, jeho smrt v 1592 přerušil probíhající stavební práce, a kostel zůstal nedokončený až do roku 1634.

Architekti Nicodemus Tessin starší a Tessin Jr. převzal pokračování ve výstavbě a postaven barokní kostel. Věž, která byla považována za nejkrásnější ve Stockholmu, byl zničen během požáru v roce 1759, který také zničil 300 dalších budov v areálu. Carl Johan Cronstedt byl pověřen obnovit církev a jeho projekt byl dokončen v roce 1763. To udržel hodně z původního návrhu. Obnova interiéru kostela Máří Magdalény se konal v roce 1927, ve stejném roce zde byla zřízena první tělo, druhá byla přidána v roce 1986.