Do konce 19. století, zvýšení počtu obyvatel pravoslavné vyžádal výstavbu nového pravoslavné katedrále. Existující v době kostela Proměnění se stal malý pro rostoucí počet farníků, a také jeho umístění nebylo příliš pohodlné. Prince Sergey Shakhovskoy, který v roce 1885 byl jmenován guvernérem Estonské zahájila výstavbu pravoslavného kostela a dostal povolení získávat finanční prostředky pro realizaci této myšlenky. Dary obdržel na výstavbu sem z celého Ruska. V důsledku toho, September 15, 1.899 se shromáždí dostatečné finanční prostředky pro stavbu chrámu.

Katedrála rozhodl věnovat svatého knížete Alexandra Něvského, po mimořádném záchraně cara Alexandra III a jeho rodina během strašlivého železničního neštěstí, k němuž došlo dne 17. října 1888. Velmi pozorně si vybral místo pro stavbu budoucího kostela. Z osmi navrhovaných možností zastavil před guvernéra paláce v Vyšhorod. V srpnu 1893, slavnostní svěcení místa pro budoucnost katedrály. Při ceremoniálu byla podána na ikonu zázračné Dormition Matky Boží, osvobozená od Pühtitsa kláštera.

Výsledkem projektu je akademik architektury katedrály Michail Kalašnikov Proměnění, odborník na církevních staveb, člen petrohradské Akademii výtvarných umění .  Zpočátku projekt zahrnoval instalaci mramorové ikonostas, ale během výstavby bylo rozhodnuto nahradit na dřevěné zlacená .  Ikony byly psány ve studiu malířství akademik Alexander Nikanorovich Novoskoltseva .  Podle jeho skic Petersburg Mistr Emil Karlovich Shteinke přimělo vitráže, které byly instalovány v oknech hlavního oltáře kaple .  Bell vyrábí v Petrohradu ve zvonici rostlin obchodníka Vasily Michajlovič Orlov .  Zvonění zvonů katedrály je 11 .  Zvonek obsadil různé obrázky a nápisy .  Výsledkem byla výstavba chrámové trehprestoly provedené na modelu moskevských kostelů z 17. století, se může ubytovat asi 1500 lidí .  Průčelí katedrály zdobené mozaikami, vyrobený akademik architektury A . H . Frolov . 

Slavnostní vysvěcení katedrály ve jménu Alexandra Něvského se konala dne 30. dubna 1900, která byla vedena Agafangel Jeho Milosti, biskup z Rigy a Mitava. Ceremonie se zúčastnil i St. práva. o. John Kronštadtu.

Na počátku 20. let, bylo rozhodnuto o demolici chrámu jako "památník ruského násilí." Estonsko se dokonce začal sbírat finanční prostředky na realizaci tohoto rozhodnutí. Na konci roku 1928 účet byl představen strhnout katedrálu svatého Alexandra Něvského. Temple podařilo obhájit síly globálního ortodoxní komunity. Během druhé světové války, katedrála byla uzavřená, a byl znovu nastolil otázku jeho demolici.

V 60. letech by být tato katedrála převeden pod planetária. Od rekonstrukce, chrám Alexandra Něvského podařilo zachránit mladého biskupa Tallinn a Estonsko Alexy, budoucí patriarcha Moskvy a celé Rusi Alexijem II. V roce 1999, jako znamení zvláštní ochrany Tallinn chrámu Alexandra Něvského byl udělen status Stavropegic, což znamená přímou podřízenost církve, patriarcha Moskvy a celé Rusi. V těchto dnech akce a katedrály je otevřena denně od 8 do 9 hodin.