Starověké legenda praví, že v roce 1364 litevský šlechtic jmenoval Goshtautas pozváni na 14 Franciscan mnichy a dal si je domů, aby mohli usadit v zemi. Když Goshtautasa odešel, všichni mniši byli zabiti. O nějaký čas později, šlechtic Invite Franciscan mnichy. Nové mniši se usadil v jiném místě, a místo zavražděných mnichů, on postavil kostel, pojmenovaný na počest svatého Kříže.

V roce 1524 kostel vyhořel. V roce 1635 na tomto místě usadili kněží Bonifratrzy. Začali svou práci se, postaven nový kostel svatého Kříže, která byla založena v blízkosti kláštera téhož jména a otevřel v klášterní nemocnici. Později, v nemocnici se změnil na útočiště pro duševně nemocné. Goshtautasa katolický kostel byl přidělen podle klášterních prostor. Psychiatrická nemocnice zde fungovala až do roku 1903, kdy byl přesunut do nové budovy postavené speciálně pro psychiatrické léčebny.

V roce 1737 byl kostel znovu vyhořel. V roce 1748 byl kostel zrekonstruované, interiér byl kompletně opraven, šest oltáře byly postaveny a instalovány Kost'ol'na odbor byl postaven v barokním slohu. Jen zdobené barokní fasádou a budovu kláštera. I když po obnovení exteriéru budovy a tam byly prvky rokoka. Uvnitř chrámu stojí majestátně nad prostorné pokoje kamennými křížovými klenbami. Zajímavá kombinace architektonických prvků baroka, rokoka a neo-rokoka.

V chrámu je zdroj, který je považován za zázrak. Legendy říkají, že zdroj se náhle objevil u sochy Neposkvrněného početí. To je místo, kde se mniši mučeni zabité františkány. Říká se, že je zvláště výhodné voda tohoto zdroje o pacienty s onemocněním očí.

V kostele je také zázračný kříž, který je namontován nad hlavním oltářem. Pod křížem je obraz Panny Marie s dítětem. Lze předpokládat, že se obraz namaloval v 17. století, ale určitě je původ obrazu je neznámá. To je také zařazen mezi zázračných výtvory. Kopie zázračným obrazem Panny Marie s dítětem, v podobě fresek lze vidět na hlavním průčelí kostela. Je pod klenutým štítem, postavený v roce 1737 mezi dvěma bočními věžemi kostela.

Mezi lety 1914 a 1924 se v kostele koná speciální službu pro studenty litevských škol. V době, kdy byl Vilnius obsazené Polsko, nebyly provedeny v chrámové službě v litevské yazyke.V Bonifratr 1843 Řád byl zrušen, a na místě kláštera zůstala jen jejich reprezentace. V roce 1909 byl kostel znovu opraven. Na konci první světové války, v roce 1924, biskup Jurgis Matulaitis Bonifratr pozván k návratu do kláštera svatého Kříže. Návrat mnichů v klášteře byl velmi aktuální. Oni opravili kostel, stavět šest oltáře tam. Oni také představil v klášteře útočiště pro seniory a polévku kuchyně pro potřebné "charity".

Na začátku druhé světové války, bratři z Vilniusu bylo staženo Bonifratrzy Order. V roce 1947, klášter chráněné sester shromáždění "Neposkvrněného početí Panny Marie." Jsou však dominují krátkodobé. Sovětské úřady zavřeno v roce 1949 a klášter a kostel. Budovy kláštera byly umístěny obytné apartmány.

V roce 1976, chrám byl obnoven a zařídil v něm Concert Hall Vilnius filharmonie, takzvaný "malém sále baroka." Tam byly koncerty varhanní hudby.

Vilnius Arcibiskupství dostal zpět do svých domovů až po změně režimu v roce 1990. Chrám a klášterní budovy byly obnoveny a převedeny na nově vysvěcených jeptišky Kongregace Sester "Neposkvrněného početí Panny Marie."