Univerzita Záhřeb je nejstarší nejen v Chorvatsku, ale také v jihovýchodní Evropě. Datum jeho založení je považován za 23.září 1669, kdy římský císař a maďarsko-chorvatský král Leopold I vydal zákon uznává výsady a stav vysokoškolských vzdělávacích institucí z bývalé jezuitské akademie, jež působila na území svobodného královského města Záhřebu, bývalé hlavní město království Chorvatska a Slavonie. Toto datum je začátek historie na univerzitě v Záhřebu v jejich boji za provádění práv přijal a získat důstojné místo mezi autoritativním a zástupce univerzit a akademií ve střední Evropě.

Historie univerzity v Záhřebu ve své moderní podobě začíná dzhyakovskogo iniciativy biskupa a významného mecenáše chorvatské Josip Juraj Strossmayer, když v roce 1861 navrhovaném organizovat univerzitu čtyři fakulty: lékařské, teologické, filozofické a právní. Tento návrh byl považován za několik let, a v roce 1874 chorvatský parlament přijal iniciativu a vydal dekret "Na univerzitě." Ve stejném roce se univerzita změnila svůj název a stal se známý jako moderní univerzity v Záhřebu.

Od roku 1990 univerzita získala větší autonomii, se na stejném čase začal přistoupení k Boloňského procesu.