Myšlenka vytvoření Archeologické muzeum ve městě Almería vznikl v první polovině 19. století. Do roku 1837 z nejbližší do města a jeho okolí klášterů podařilo stáhnout 196 malby a starověké mince a náhrobky, klenoty a nádobí, pocházející z období arabskou vládou ve Španělsku. Ale pro řadu neznámých příčin otevření muzea v té době se nekonal. Následně, mnoho z těchto artefaktů dělal sbírku muzea mimo Almería, a dokonce i v zahraničí.

Vyhlášení druhé španělské republiky byla skutečnost, že v roce 1933 ve městě Almeria stále otevřen Archeologické muzeum, které sídlí v budově výzkumného ústavu. Počáteční sbírka archeologické pozůstatky muzea nalezené při vykopávkách v Almeria a jeho okolí. V roce 1934, muzeum již zahájila spolupráci s dalšími muzejních sbírek v zemi. V roce 1979, v souvislosti s rozšiřováním muzejní sbírky byl přesunut do budovy, kde sídlí vysoká škola svatého Panny Marie del Mar.

V roce 1998 architekty Ignacio García Pedrosa a Angela Garcia de Paredes byla postavena nová budova muzea, která splňuje moderní požadavky. Interiér nové budovy, prostorné a světlé díky propracovaným systémem přirozeného osvětlení, minimalistickým designem, čisté geometrické linie a prostorové kapacity. Sbírka Archeologické muzeum Almeria jsou exponáty z období paleolitu až do maurské nadvlády Pyrenejského poloostrova.