Klášter byl založen dno Maura Dias v roce 1280 na jeptišky klarissok. Klášter netrvalo dlouho, a v roce 1311 zanikla. V roce 1316 manželka krále Dinis já, královna Isabella Portugalska, v zrekonstruované budově kláštera.

Královna Isabella Portugalska také nazýván "Holy královna", protože její výjimečnou zbožnost a spravedlnost. Královna také slavný pro své bezúhonnosti je založen nemocnice, dětské domovy a školy. Po smrti svého manžela, krále Dinis, ona odešla do kláštera. A v roce 1336 královna zemřel a byl pohřben v klášteře v hrobce, zdobené v gotickém slohu. V roce 1626, královna Isabella byl vysvěcen pro jeho lásky a dobrých skutků.

První architekt kláštera byl Domingos Domingues, známý pro jeho práci na galeriích kláštera Alcobaça. On pokračoval v práci tohoto architekta Estevao Domingues, který byl slavný jeho prací na galerie katedrály v Lisabonu. V roce 1330 vysvěcení chrámu, a později i do jižní části kostela byl postaven klášter. Klášter je velmi často prezentován peněžní dary a dárky. Na počátku XVI století byl kostel vyzdoben Sevillian obklady a instalovaných novými oltáři.

Vzhledem k tomu, klášter a kostel byl postaven na levém břehu řeky Mondego, pak o rok později byla budova zaplavena nad břehu řeky vod. A po celá staletí klášter zaplaven mnohokrát. Vzhledem k časté záplavy v klášteře nebylo možné být, a král John IV nařízeno opustit budovu a přestěhovat se do nového kláštera - klášter Santa Clara-a-Nova, postaven na kopci nedaleko od staré budovy. Hrobka se zbytky královny Isabely a jiné královské osob byly převedeny do nové budovy.

V průběhu doby, starý klášter v troskách. V roce 1910 byl objekt uveden jako památku národního významu, a některé rekonstrukční práce byly provedeny v první polovině dvacátého století.