Výstavba nové budovy kláštera Santa Clara v Coimbře byla zahájena v roce 1649. Starý klášter, postavený na konci století XIII, byl zničen, a bylo rozhodnuto postavit novou budovu pro jeptišky Řádu Santa Clara.

Tento projekt vyvinul benediktinský mnich z kláštera a královský architekt João Turriano, na starosti výstavbu královského architekta Mateus do Couto. Nová výstavba trvala dost dlouho. V roce 1677 nová budova kláštera, který stal se známý jako kláštera Santa Clara-a-Nova, jel jeptišky. V roce 1696 byl vysvěcen kostel.

Hlavní portál klášterního kostela zdobí s královským erbem, který je podporován dvěma anděly. Interiér kostela je v barokním slohu. Kostel je jednolodní, transept chybí. Boční kaple a hlavní kaple zdobí 14 altarpieces z XVII století ve stylu "Talya dorado" - oltářních obrazů zarámované vyřezávané a pozlaceného dřeva. Kromě toho, nový klášter byl přemístěn hrob s ostatky královny Isabely Portugalska, zakladatele kláštera. Po smrti svého manžela, krále Dinis, královna byla v Coimbra kláštera Santa Clara do jeho smrti a byl pohřben tam. Proto mezi místními tento klášter je nazýván klášter královny Isabely. Hrob s popelem, ze stříbra a křišťálu, která se nachází v blízkosti hlavního oltáře kostela. Před kostelem stojí pomník královny Isabely, sochař Antonio Teixeira Lopes v XIX století.

V roce 1733 v klášteře ambitu byl postaven v renesančním slohu. Konstrukce těchto galerií na starosti maďarského architekta Carlos Mardel.