Kostel Santa Cruz byl postaven jezuity mnichy v roce 1608 jako farní kostel pro čínských přistěhovalců v Manile, z nichž mnohé přijaly křesťanskou víru. Když jezuité byli vyhnáni z Filipín, se kostel stal majetkem dominikánského mnicha. Kostel byl téměř dvakrát zničena mohutným zemětřesením a vážně zraněn během slavné bitvy u Manily v únoru 1945, který označil konec téměř tříleté japonské okupace města.

Když v roce 1571 byl vyhlášen hlavní město Manila filipínské souostroví, to stalo se transformovala do podoby středověké evropské město s kostely, paláce a radnice postavené ve stylu španělského baroka. Současná budova kostela Santa Cruz, renovovaný v roce 1957, obnoven ve své původní podobě. Nicméně, je možné vidět stopy věže je typické asijské architektury. Oltář kostela na první pohled vypadá trochu podhodnoceny, ale jeho světelný design dokonale.

Kostel Santa Cruz se nachází na Plaza Lacson (dříve Gojty Area), v blízkosti slavného Fontana Karredo, postavený v roce 1882 na počest "největšího dobrodince Filipín 'Francisco Karredo který daroval 10 tisíc pesos na výstavbu prvního vodovodního systému v Manile.