Augustiniánský klášter v Třeboni je jedním z nejvýznamnějších místních historických památek. Byl založen pro katolickou řádu augustiniánů čtyř bratrů, vlastníci města - rodu Rožmberků. Tato vznešená rodina vlastnila až do 1660 Třeboně. Téměř všechny významné budovy města, včetně zdejšího zámku, byly financovány tyto aristokraty.

Třeboň klášter se objevil v centru města v XIV století. 20 let po založení kláštera, když se postavil chrám zasvěcený jménem svatého Eliáše a Marie. Skutečnost, že místní obyvatelé již dlouho uctívali světce. Ještě předtím, než klášter zde existovala Třeboň farnost svatého Eliáše. Tento klášterní kostel obsahuje nějaký nádherný umělecké dílo - "Třeboňského oltáře", vyrobený v gotickém stylu v XIV století. Jméno autora tohoto mistrovského nedosáhl našich dní, ale je známo, že byl místní a vysoce respektovaný pán.

Klášter vlastnil 7 měst, dařilo a prosperoval, jak se všechny nové oprávnění. Takže v roce 1389, místní mniši mohli vybrat svůj vlastní opata.

Místní svatý příbytek neutrpěl během husitských válek od roku užili patronát Oldrzhiha Rosenberg II.

V XVI století byl klášter uzavřen, protože mravního poklesu v klášterním prostředí a téměř úplné zničení opatství. Všechny klášterní majetky se stal majetkem Rožmberka. V roce 1631, na naléhání krále Ferdinanda II byl klášter obnoven. Jeho nový manažer přišel z Rakouska a sliboval obnovit pořádek v přiřazené klášteře.

Do roku 1738 se veškeré rekonstrukce dokončena a místní klášter opět stal centrem vzdělání, vědy a víry. V polovině XVIII století byl klášter značně rozšířen: na jeho území, tam jsou některé magisterské výstavbě, sněmovna opat kapli svaté Barbory.

Mít přežil velký požár v roce 1771, Klášter byl zrušen kvůli císařské reformy. Dnes je klášterní komplex je otevřen pro návštěvníky.