Výstavba kláštera Ninnadži začala v roce 886, jeden císař - Kёkё a dokončena dva roky po smrti dalšího předchůdce - Uda. Po abdikaci císaře Uda byl tonsured mnichem a odešel. Vzhledem k tomu, že v důchodu císař zde žila po zbytek svých dnů, byl klášter neformální název "Old Imperial Palace Omura." Oficiální název Ninnadži se překládá jako "klášterní humánní harmonii."

Od založení chrámu, a až v druhé polovině XIX století opata kláštera se stal syny císařů, kteří se klášterní sliby na rozkaz svých otců.

Klášter se testu třikrát, oheň: požár v roce 1119 komplex ztratil většinu z jeho staveb, a v neklidné době Onin (1467-1477 let) na svém místě zůstaly pouze popel. To byl obnoven až v XVII století, a dokonce ani tehdy ne úplně. Prostě, jak velký byl klášter vlastnictví, podle rozložení 88 poutních chrámů jednou stál na jeho území, které jsou stanoveny pro zahradu. V roce 1887, část budov spálili Ninnadži, ale obnova začala až po více než dvě desetiletí.

V současné době, Ninnadži je hlavním klášter Shingon buddhistické sekty, Omura a Ukyo se nachází ve starém japonském hlavním městě. Hlavní svatyně Ninnadži - socha Amida Buddhy. Hlavní chrám Ninnadži kláštera je seznamu světového dědictví UNESCO, a některé budovy a kuriozit v něm uložených má statut národního dědictví v Japonsku - zejména Condo - hlavní sál chrámu, dřevěná obraz obrazu Buddha na hedvábí božstvo Kudzyaku a další. Uvnitř chrámu je vyzdoben unikátními plátny a jiných uměleckých děl.

Oblast chrámového komplexu je rozdělena do několika vysokými zdmi. V jihozápadní části rybníka a tam jsou pavilony, které ukládají poklady a starobylé uměleckých děl. Na sever je hlavní sál Condo, pěti-stupňová pagoda a třešňový sad, kde po mnoho let pěstuje odrůda třešňového Omuro která kvete po všem. Kostel je škola ikebana Omura.